No Brasil, o sistema começou com a Produção Integrada de Frutas, em 2001, por exigência do mercado internacional. Foi uma condição da Comunidade Europeia para a continuidade das importações de frutas, principalmente de maçãs brasileiras. Atualmente, as certificações de produção integrada no país começam a obter resultados promissores também na pecuária e na produção de grãos, oleaginosas, flores e plantas medicinais. Para cada cadeia produtiva, há orientações e normas técnicas específicas que devem ser seguidas pelos produtores que aderirem à PI. Para o milho, essas normas estão em fase de elaboração por uma equipe multidisciplinar da Embrapa Milho e Sorgo (Sete Lagoas-MG). As orientações são baseadas nas normas de Boas Práticas Agrícolas (BPAs) para a cultura do milho e em critérios já estabelecidos na legislação, como por exemplo, no caso de agrotóxicos, há exigência de utilização de produtos autorizados, com treinamento de pessoal e utilização de equipamentos de proteção individual.

As normas técnicas de produção são testadas e validadas a partir da aplicação em unidades-piloto. Para o milho, há cinco unidades em propriedades rurais de Minas Gerais. Neste processo, são utilizadas as mais adequadas tecnologias, buscando a racionalização de produtos agroquímicos, o monitoramento da água, do solo, da cultura, da pós-colheita e a implantação de registros em todas as fases de produção para obtenção da rastreabilidade.
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